Ammonium-Ionen sind positiv geladene Teilchen, die chemisch mit Ammoniak verwandt sind. Sie entstehen beim Abbau von Proteinen oder Harnstoff durch Bakterien und sind damit ein Indikator für das Vorkommen von Bakterien im Trink- oder Leitungswasser.
Da Ammonium im Grundwasser primär nicht vorkommt, muss beim Nachweis von Ammoniumionen im Wasser von einer Verunreinigung beispielsweise durch Gülle oder Mist aus der Tierhaltung ausgegangen werden. Aber nicht nur der Verdacht auf eine bakterielle Kontamination rechtfertigt das Testen des Wassers auf Ammonium: Erhöhte Konzentrationen des Stoffes können langfristig zu einer Schädigung der Nieren und des zentralen Nervensystems führen. Des Weiteren wird Ammonium von Bakterien zu Nitrit umgewandelt, welches insbesondere für Säuglinge unter 6 Monaten eine erhebliche Gesundheitsgefahr darstellt. Der Stoff blockiert die roten Blutkörperchen des Säuglings und sorgt somit für eine unzureichende Sauerstoffversorgung ("Blausucht").
Da der unreife Körper die veränderten Blutkörperchen nicht mehr vom Nitrit befreien kann, droht dem Säugling eine Art "inneres Ersticken". Im Trinkwasser, das zur Herstellung von Säuglingsnahrung verwendet wird, darf aus diesem Grund gar kein Nitrit (und somit auch kein Ammonium) vorhanden sein!